Японские о-ва образовались на пересечении нескольких островных вулканических дуг, опоясывающих тихоокеанское побережье Азии. Северный остров Хоккайдо находится на пересечении дуги, простирающейся с северо-востока на юго-запад, и крупной дуги меридионального простирания, следующей на юг и включающей главный остров страны Хонсю (т.н. «дуга Хонсю»). У южной оконечности Хонсю происходит ее слияние с двумя ветвями третьей дуги, которая протягивается через Хонсю с востока на запад, причем ее северное ответвление (ветвь Цусима) находится севернее Японского Внутреннего моря, а южная (ветвь Сикоку) – южнее. Само Японское Внутреннее море представляет собой область опускания, а усеивающие его многочисленные острова – наиболее высокие фрагменты погруженного блока суши. Самый южный остров Кюсю находится на пересечении дуги, простирающейся с востока на запад, и четвертой дуги, следующей с северо-востока на юго-запад и продолжающейся на островах Рюкю и Тайвань.
Все эти островные дуги приурочены к нестабильной Тихоокеанской геосинклинальной области, где и в настоящее время происходят процессы горообразования. Частые землетрясения указывают на движения земной коры. Сейсмографы обычно регистрируют до 1500 землетрясений в год, но на поверхности ощущается примерно четверть из них. Наиболее мощные землетрясения повторяются с периодичностью от 10 до 30 лет. Кроме того, для Японских о-вов характерны цунами – огромные волны разрушительной силы высотой до 10 м, образующиеся в результате подводных землетрясений и обрушивающиеся на восточное побережье страны. На протяжении миллионов лет неоднократно происходили колебания земной коры. В результате одни ее блоки поднимались, а другие – опускались. Эти тектонические движения отчасти предопределили разнообразие рельефа Японии, и там, где происходили вертикальные подвижки, на поверхности часто прослеживаются разломы в виде резких перегибов на границах низменностей и возвышенностей.
С движениями земной коры связана интенсивная вулканическая деятельность на Японских о-вах. Всего в Японии насчитывается примерно 200 вулканов, из них ок. 40 – действующие. Некоторые высокие горы Японии представляют собой вулканы, высочайшая из них – вулкан Фудзияма (3776 м). Вблизи как действующих, так и потухших вулканов встречаются горячие источники.
Водные ресурсы. Япония – преимущественно горная страна с преобладанием низких и средневысотных гор, в основном субмеридионального простирания. 3/4 склонов имеют крутизну более 15° и настолько сильно расчленены, что исключены из хозяйственного пользования. В ландшафтах страны преобладают угловатые и заостренные формы рельефа, однако на юге о.Хонсю и на о.Кюсю рельеф сглажен, еще более плавные очертания имеют прибрежные районы о.Хоккайдо. Самые высокие и наиболее расчлененные горы, Японские Альпы, расположены в центральной части о.Хонсю к западу от Токио. Их отдельные пики превышают 3000 м над у.м., а речные ущелья врезаются на глубину до 2 км.
Реки Японии многочисленны, имеют короткие, весьма крутые продольные профили и несудоходны, но используются для сплава леса. Самые крупные реки весьма полноводны, вода в них обычно чиста и прозрачна. В составе твердого стока песчаный материал резко преобладает над глинистым и илистым. Три самые длинные реки: Синано на о.Хонсю, протяженностью 368 км, дренирует склоны Японских Альп и впадает в Японское море; Исикари (367 км), дренирующая западную часть о.Хоккайдо и тоже впадающая в Японское море; и Тоне (322 км) на о.Хонсю, дренирующая равнину Канто и впадающая в Токийский залив на побережье Тихого океана.
Равнины занимают не более 15% территории Японии и, как правило, окаймляют горы. В основном это небольшие по площади, шириной от нескольких до 150–160 км, прибрежные аллювиальные низменности. Многие из них приурочены к верхним частям бухт и заливов или, как на западном побережье Хонсю, представлены эстуарными дельтами, защищенными полосами дюн. Наибольшую площадь занимают равнины Канто вокруг Токио на тихоокеанском побережье Хонсю (12 950 кв. км); Исикари на западе Хоккайдо (2100 кв. км); Этиго на западном побережье северного Хонсю в устье р.Синано (1800 кв. км); Ноби вокруг Нагоя на тихоокеанском побережье Хонсю (1800 кв. км); Китаками к северу от Сендай на тихоокеанском побережье северного Хонсю (1200 кв. км); Сеттсю вокруг Осаки у восточной оконечности Внутреннего Японского моря (1240 кв. км); Цукюси вокруг Куруме на северо-западе Кюсю (1190 кв. км).
Другие участки равнин приурочены к вытянутым узким межгорным котловинам во внутренних районах страны, например на севере о.Хонсю, и вокруг озерных впадин в центральной части того же острова, среди которых особенно выделяется тектоническая впадина оз. Бива, самого крупного пресноводного озера Японии. Небольшие низменности встречаются также во внутренних районах островов Хоккайдо и Кюсю.
Берега. Общая протяженность береговой линии Японских о-вов ок. 30 тыс. км. Поскольку основная часть населения Японии сосредоточена на наиболее крупных приморских низменностях, берега играют в жизни японцев значительную роль. В целом побережье сильно изрезано, часто непосредственно к нему подходят отроги гор, которые круто обрываются в сторону моря. Некоторые неровности береговой линии являются результатом процессов складкообразования и погружения глыб земной коры перпендикулярно к берегу, а более ровные участки иногда представляют собой сами плоскости скольжения. Наибольшей расчлененностью характеризуются тихоокеанское побережье северного и северо-западного Хонсю, берега Внутреннего Японского моря и западного Кюсю. В целом на о.Хонсю побережье, обращенное в сторону Японского моря, более ровное и пологое, чем тихоокеанское. Берега о.Хоккайдо преимущественно выровненные и местами обрамленные серией морских террас (две нижние – одна высотой несколько метров над уровнем моря и другая 20–100 м над у.м. – плоские, а третья высотой 100–200 м над у.м., сильно всхолмленная), кое-где выражены береговые уступы, а местами развиты крупногалечные пляжи и гряды дюн. На побережье Японии много небольших, но удобных естественных гаваней, а также несколько крупных. Иногда гавани ограничены подступающими утесами или окаймлены узкой полосой аллювиальных дельтовых равнин.